Es besteht in Möglichkeit, in MultiBaseCS auch Negativnachweise einzutragen. Dazu wird im Feld des Artnamens -Negativnachweis- eingegeben. Daraufhin erscheint ein weiteres Feld ('Negativnachweis'), in das die nicht angetroffene Art eingegeben werden kann. Die weiteren Felder der artspezifischen Angaben können leer bleiben.

Unter Umständen kann der Hinweise sinnvoll sein, dass bestimmte Arten nicht aufgenommen worden sind. Dazu ist dann -Nicht kartiert- in dem Feld Art auszuwählen und die Art in dem neu erscheinenden Feld einzugeben.